Trong hạt có chất dầu giúp sát khuẩn, vì vậy một số nơi người ta dùng hạt giã nát cho vào nước để lọc nước đục, hạt chùm ngây giúp lắng các chất cặn làm trong nước.
Tác dụng hạt chùm ngây có rất nhiều công dụng, nhưng tác dụng được nhắc đến nhiều nhất là phòng và hỗ trợ điều trị ung thư, tăng ham muốn tình dục ở nam giới.
Qua nghiên cứu khoa học người ta đã tìm thấy tác dụng tuyệt vời của cây chùm ngây, đó là khả năng kháng sinh diệt vi khuẩn, vi nấm, giảm bệnh tiểu đường, tính kháng ung thư, các hoạt tính chống co giật, chống sưng và gây lợi tiểu, rễ chùm ngây có tác dụng ngừa thai, hạt chùm ngây chống đột biến gen và có khả năng lọc nước. Cây con có tác dụng chống suy dinh dưỡng.
Trên thế giới cây chùm ngây được xem là tài nguyên vô giá, nó bảo vệ sức khỏe cộng đồng , phòng hộ giảm nhẹ thiên tai. Các bộ phận của cây chùm ngây có nhiều khoáng chất quan trọng, giàu đạm, vitamin, axitamin, chúng được sử dụng để tạo thành nguồn cung cấp dinh dưỡng, dược liệu tự nhiên và nguyên liệu cho ngành mỹ phẩm. Để có một cây chùm ngây khỏe mạnh thì việc lựa chọn hạt chùm ngây tốt để gieo trồng là rất quan trọng, ta phải chọn hạt chùm ngây to, hạt không bị lép hoặc bị teo quá nhỏ.